随着研究的深入，逐步发现DNA多态基因突变率高，例如：某些STR座位有较高的突变率，甚至有在同一三联体假系中出现2个遗传标记系统违反了孟德尔遗传规律的报道。这实际上也是对根据1~2个标记违反遗传规律所作出的“排出结论时绝对的”说法的一种挑战。因此在选择DNA遗传标记时，不能单以多态性程度为条件，必须注意基因座突变率。如果突变率大于0.2%则不能用于亲子鉴定。考虑到突变问题，在亲子鉴定中不能仅依据一个遗传标记违反遗传规律从而做出排出结论。

实验室标准，主要是指各实验室根据国家标准要求，结合自身的特点所制定的内部管理标准。除了实验室应对鉴定人员实行业务培训的定期考核外，最主要的是确定检测的遗传标记项目。首先要使这些项目的总非父排除率能达到某个标准。虽然在个案中，一般只会出现数个遗传标记成为排除指标，但作为合格的实验室，必须要有一整套遗传标记的检测能力，以使尽量多的应该排出亲子关系的案例真正能得到排出。另一方面，由于对从所关注亲子关系概率设立了相应的标准，当出现尚未达到RCP值标准的不能排出的案例时，能有一定的备用遗传标记检测，已尽力提高其RCP值；或者在增加检测时，可能还会找到排出的遗传标记。

实验室的内部管理标准还应包括对试剂与仪器设备的管理。亲子鉴定大量应用的是生物、生化试剂，这类试剂往往易污染，易失活，易变性，无论是保管或操作都应有严格的规程，以确保试剂的质量。检测愈趋现代化，堆一起设备的依赖度就愈大，保持仪器设备良好的工作状态，是取得正确结果至关重要的条件，者也应有制度保证。实验室还应制定各种有关操作规程，以确保检测结果的正确。

 

    亲子鉴定实验室的鉴定人员绝非一般的临床检验人员，应具有较坚实得医学遗传学理论基础，有较高的分析能力和操作能力。因为亲子鉴定常面对错综复杂的案情，各式各样的建材。重要的是结合具体案情做出正确合理的鉴定结论，并书写出合乎标准的鉴定文书；在接到人民法院的出庭通知后，鉴定人应出庭作证。所以培训不应仅局限于科技业务方面，还应包括有关法学知识，使鉴定人熟悉有关法律，了解有关诉讼程序，以正确履行鉴定人的权利与义务。​